为进一步方便参保人员申办医保业务，构建“智慧医保”体系，南通参保人员既可以选择在全市任意一个县（市、区）医保经办机构的服务窗口办理医保业务，实现“通城通办”，也可以通过下列渠道选择线上“掌上办” “网上办”：
南通医保APP可办理：异地就医（异地安置）备案、异地就医（无转诊证明）备案、医疗（生育）费用零星报销预审申请、男职工护理假津贴申请。（居民医保缴费去掉）医保账户查询、缴费记录查询、消费明细查询、参保状态查询、居民退费申请、职工退费申请、参保人员信息变更、居民缴费证明、职工缴费证明、电子对账单、医保关系转入转出申请。照护保险失能评定申请、上门服务申请、辅具租售申请、待遇查询、义工注册等。
江苏医保云APP可办理：参保信息查询 缴费查询 个账划入查询、异地就医（异地安置）备案、异地安置人员的异地就医（有转诊证明）备案。
国家异地就医微信小程序或国家医保服务平台APP可办理：个人参保信息查询，缴费记录查询、异地就医（异地安置）备案、异地安置人员的异地就医（有转诊证明）备案。
江苏政务服务网、南通市政务服务网可办理：单位参保登记、职工参保登记 、城乡居民参保登记 、单位参保信息变更登记 、职工参保信息变更登记 、城乡居民参保信息变更登记 、参保单位缴费基数申报 、参保单位参保信息查询 、参保人员参保信息查询。异地就医（异地安置）备案、异地安置人员的异地就医（有转诊证明）备案、门诊规定病种特殊待遇备案、特药待遇备案、康复医疗待遇备案、慢性病专项取消备案、医疗（生育）费用零星报销预审申请。
定点医疗机构可办理：医疗保险信息查询、异地就医（有转诊证明）备案、门诊规定病种特殊待遇备案（本市符合规定二级及二级以上定点医疗机构可为我市居民“两病”新增确诊人员办理备案）、特药待遇备案、康复医疗待遇备案及家庭病床备案等。